Eftersom Islams lära gjorde att antalet muslimer växte, ökade muslimernas ekonomiska och politiska anseende också. Detta gjorde att judarna började känna sig hotade. Deras makt i staden minskade. Deras religiösa status som en folkgrupp med en gudomlig bok hade inte längre samma höga status när Medinas stammar blev muslimer med en egen helig bok. Stadens judar insåg också att deras finansiella dominans inte längre räckte för att styra de politiska, sociala och ekonomiska relationerna i staden.
Detta ledde till att Medinas judar och Quraysh gick samman i en hemlig allians för att kunna krossa Islams styre i Medina. Quraysh beslutade att sätta Medina under en hård ekonomisk belägring. De hade förbjudet alla karavaner att föra mat eller något annat till Medina.
Denna belägring varade så länge att människorna i Medina fick stora problem. De tvingades att ta sig ända till Röda havets kust för att köpa mat. Under tiden fortsatte Quraysh att terrorisera Meckas muslimer. De fick inte heller lämna staden för att emigrera. Quraysh skrev i ett brev till profeten att han kunde förvänta sig en attack mot Medina.
Profeten(S) ansåg att det var säkrare att konfronteras med Quraysh på ett plats som hette Badr utanför Medina. På det sättet hoppades han kunna skydda Islams regering och jämlikhetens stad.
Muslimerna besegrade fienden trots att de till antal bara var en tredjedel av Quraysh armé. Muslimerna hoppades att nederlaget skulle leda till att Quraysh upphävde belägring. Man hoppades att man skulle kunna föra en dialog med dem och få Quraysh att sluta terrorisera muslimerna i Mecka och att ge upp planerna på att attackera Medina.
Men Quraysh hade andra planer. Efter ett år förberedde de sig för krig. De kom till Medina och mötte Islams armé på en plats utanför en stad som hette Uhud. Där blev muslimerna besegrade men det var aldrig någon fara för den Islamiska regeringen i Medina.
På immigrationens (Hijrah) femte år möttes judarna och Quraysh. Man kom överens om att tillsammans bekämpa Islam. Quraysh fick många fördelar i den överenskommelsen eftersom de judiska stammarna omgav den Islamiska staten. Man tänkte samla en stor armé där för ett slutgiltigt krig. Muslimerna var förberedda på ett anfall från judarna och Quraysh. För att skydda Medina grävde muslimerna ett dike. Fem av de 10,000 som anföll staden lyckades ändå forcera diket. En av dem, som var känd för sin tapperhet och skicklighet, kom fram och utmanade muslimerna att slåss. Då han inte fick något svar sa han: “Var är ni som gör anspråk på paradiset?”. Det blev Imam Ali(A) som fick ge ett svar på den frågan. Profeten(S) gav honom sitt svärd. Det skulle bli en strid som var avgörande för Islams framtid. Profeten(S) sa: “Hela troheten står mittemot hela otroheten.”
Imam Ali(A) besegrade Qurayshs krigare och det resulterade i att man i Quraysh armé började tvivla på att man skulle segra. Senare blåste det upp till storm och Qurayshs tält rasade. Några av deras djur dog och det blev dessutom väldigt kallt. Rädslan och pessimismen spred sig i lägret. Till slut drog de sig tillbaka – de var både rädda och förbryllade.
När Quraysh lämnade platsen kunde inte judarna längre hålla stånd mot muslimerna och efter att ha förlorat tre strider drog judarna sig tillbaka.
Idén att med våld överta styret i Medina var alltså inte så framgångsrik. Medina hade både klarat krig där styrets försvarare segrat och krig där styrets försvarare besegrats.
Detta banade väg för en fredlig pakt som kallades Hudaybiyah. Den undertecknades under Hijrahs sjätte år av dem båda huvudparterna i kampen: de otrogna som en gång var Arabiens härskare och muslimerna som en gång var de förtryckta i Arabien. Bland annat ingick det i pakten att:
“Quraysh och muslimerna samtycker till att inte strida emot varandra under en period av tio år för att den sociala säkerheten och allmänna freden skall kunna stabiliseras i Arabien. Muslimerna som bor i Mecka är fria att utöva sina religiösa ritualer och Quraysh har inte rätt att varken terrorisera dem, tvinga dem att avsvärja sig sin religion eller förlöjliga den. Paktens undertecknare samtycker till att respektera varandras ägodelar, avhålla sig från att använda bedrägeri och fula trick mot varandra. Om en person bland Quraysh lämnar Mecka utan tillstånd från de äldre och antar Islam samt förenar sig med muslimerna måste Profeten Mohammad(S) återlämna honom till Quraysh. Emellertid, om en av muslimerna beger sig till Quraysh har de inte någon skyldighet att återlämna honom till muslimerna.”
Trots den sista paragrafen som gynnade Quraysh och att de satt som villkor att profeten(S) i paketet inte skulle beskrivas som “Guds budbärare” accepterade profeten(S) paketen. Han ville att man skulle kunna upprätthålla freden. Ett annat av Quraysh villkor som profeten(S) tvingades acceptera var att inleda paketbrevet med “I ditt namn, O Allah” i stället för som i muslimsk tradition inleda med “I Allahs namn, den barmhärtige, den medlidande”.
Fredsöverenskommelsen varade dock inte mer än två år. Quraysh kränkte den genom att tillåta en nattlig attack mot dem allierade muslimerna. Några män dödades, andra arresterades.
Men efter åtta år av Islamiskt styre i Medina hade muslimernas antal vuxit enormt. Profeten Mohammad(S) kunde därför gå med en stor islamisk armé mot Mecka. Men han visade också sin önskan att erövra staden fredligt. Han befall sina budbärare att hämta Quraysh representanter till muslimernas tält som slagits upp runt Mecka. Profeten Mohammad(S) ville visa dem den islamiska armens styrka. Quraysh representanter blev också mycket imponerande av Profetens militära styrka. De återvände till sitt folk och sa att det inte var möjligt för någon att besegra den islamiska armen. De talade också om att Profeten(S) lovat att respektera både liv och egendom hos den som tog sin tillflykt till Guds hus – Ka’ba. Även den som visade att han var neutral skulle respekteras och kunde känna sig trygg.
När Mecka inte visade några tecken på att göra militärt motstånd gick Profeten Mohammad(S) in i staden. Han tog bort avgudabilderna i och omkring Ka’ba och tvättade helgedomen. Han gjorde en pilgrimscermoni och höll sedan ett historiskt tal där han sa: ”Ni förnekade oss, plågade oss och förvisade oss från vårt hemland. Ni bekämpade oss och lät oss inte ens leva i fred i Medina. Men trots detta ger jag er frihet.”
Denna stora tolerans och förmåga att förlåta medverkade till att människorna i Mecka konverterade till Islam.
Profeten Mohammad(S) återvände till Medina där han fortsatte att verka som Guds budbärare och för att ge människorna de gudomliga läror som kunde ge dem tillfredsställelse och frälsning.