När angränsande städer vallfärdade till Mecka under pilgrimssäsongen så kom flera högt uppsatta män i stammen Khazraj i kontakt med Profeten(S). Profeten(S) presenterade Islam för dem och de såg Islam som lösningen på alla deras problem och accepterade därför tron. På vägen tillbaka till Yatrib, som var deras hemstad, skickade Profeten(S) med en missionär. Det hela resulterade i att stora massor accepterade Islam i Yatrib och kom till Mecka för att svära trohet och lydnad till Profeten(S).
Quraysh fick reda på detta och blev mycket upprörda. De beslöt sig för att mörda Profeten(S), men på ett sätt så att ingen särskild stam skulle få skulden. De samlade en representant från varje stam som under natten skulle storma in i Profetens(S) hus och hugga ihjäl honom. Genom en uppenbarelse förvarnade Gud Sin Profet(S) om den kommande attacken och beordrade honom att lämna Mecka under natten:
”OCH [MINNS, Mohammed] hur förnekarna av sanningen smidde onda planer mot dig; de ville ta dig till fånga eller döda dig eller driva bort dig. Ja, de smider sina planer, men Gud smider [också] Sina planer och Gud smider bättre planer än någon annan.” [Den Heliga Koranen, Surah Anfal, 8:30]
Efter Profeten(S) fått uppenbarat varningen kallade han Ali(A) till sig och berättade vad som var på väg att ske. Profeten(S) bad Ali(A) att sova i hans säng som en skenmanöver så han kunde lämna från staden utan att bli upptäckt. Ali(A) å andra sidan såg detta som en stor heder och accepterade helhjärtat att få offra sig för sin älskade Profet(S).
Ali(A) lade sig i Profetens(S) säng och bäddade in sig i dem gröna lakan som Profeten(S) brukade använda. Flertalet källor vittnar om att Gud skickade änglarna Gabriel(A) och Mikael(A) att vaka över Ali(A). Således stod Gabriel(A) vid Alis(A) huvud och Mikael(A) stod vid Alis(A) fötter och vakade. Gud prisade också Alis(A) uppoffring i Koranen med följande vers:
”Det finns också den människa som är beredd att offra sig själv för att vinna Guds välbehag. Gud ömmar för Sina tjänare.” [Den Heliga Koranen, Surah Baqarah 2:207]
Samtidigt, under nattens skyddande mörker, lämnade Profeten(S) Mecka och påbörjade emigrationen mot Yatrib. Lönnmördarna från Quraysh hade samlats utanför Profetens(S) hus och av olika anledningar beslöt de sig att inleda sin attack vid gryningen.
Och så kom gryningen och mördarna stormade in men till sin stora förvåning hittade de Ali(A) i sängen! Ali(A) sade väldigt lugnt: ”Vad är det?”
De svarade: ”Vi vill ha Mohammad. Var är han?”
Ali(A) svarade: ”Har ni lämnat honom hos mig så jag ska lämna tillbaka honom till er? Hur som helst är han inte i huset för närvarande.”
Mördarna blev ilskna över detta och lämnade huset. Emellanåt tänkte de att Profeten(S) inte kan ha nått så långt och beslutade att leta efter honom.
På sin flykt mötte Profeten(S) Abu Bakr och tog med honom på sin resa. De gömde sig i en grotta i Meckas utkanter. Quraysh hade anlitat en duktig spårare för att spåra Profeten(S). Han lyckades följa spåren ända till grottan men sedan försvann de. Spåraren sade att det finns en möjlighet att Profeten(S) befann sig i grottan. Genom ett mirakel skyddade Gud dock Sin Profet(S). Quraysh gick fram till grottan men i dess öppning såg de spindelnät och ett fågelbo med ägg i och de tänkte att ingen kunde ha gått in där utan att ha lämnat spår efter sig.
Efter 3 dagars letande så tappade Quraysh hoppet och återvände hem.
Profeten(S) fortsatte mot Yatrib där invånarna väntade förväntansfullt. 12 Rabbi al-Awwal nådde han en plats strax utanför Yatrib som kallades Quba. Profeten(S) vägrade lämna denna plats tills Ali(A) anlände. Han sade till Abu Bakr, ”Ali har offrat sitt liv för att rädda mitt. Han är min kusin, min broder och den mest älskade i min familj. Jag kommer inte lämna denna plats tills han har nått oss!”
Under tiden byggde Profeten(S) istället en moské, ”Masjed al-Quba”, som blev den första moskén i historien.
Kort därefter påbörjade Ali(A) sin resa mot Yatrib tillsammans med Profetens(S) dotter Fatimah Zahra(A), sin egen mor Fatimah bint Asad(RA) samt sina farbröder Abdul Muttalibs och Hamzas döttrar Fatimah(RA) och Fatimah(RA). På dagen skyddade Ali(A) kvinnorna mot fiender som attackerade och om natten rörde de sig. Efter flera dagar nådde de äntligen Quba. Alis(A) ben och fötter hade svullnat och blödde så han kunde knappt gå längre. Profeten(S) sprang fram till honom och de kramade varandra. Äntligen hade de två bröderna återförenats!
Därefter begav de sig alla tillsammans in i staden Yatrib. De välkomnades varmt. Barnen sjöng sånger i deras ära och massorna kom med presenter. Staden bytte namn till ”Medinat al-Nabi”, Profetens(S) stad, eller kort och gått ”Medina”.
Emigrationen till Medina (hijrah) var av sådan vikt att den islamiska kalendern började sin räkning efter den.